Toldhuset anvender den anerkendende tilgang som metode. I stedet for at rette fokus på det den enkelte har vanskeligt ved at klare, sættes der fokus på det der lykkes og giver energi og udvikling. Med jeg-støttende og værdsættende samtaler, styrkes den enkeltes selvværd og selvtillid. Der anvendes relations- og inklusionspædagogik i arbejdet med den unge med udgangspunkt i at ´Toldhuset er for alle´.
Toldhuset anvender den motiverende samtale og den strukturpædagogiske tilgang som tilsammen skaber rammerne omkring de daglige opgaver.
Der anvendes piktogrammer og boardmaking for at skabe overskuelighed, og der arbejdes med KAT-kassen der har til formål, at hjælpe beboerne til større selvforståelse.
Toldhuset har fokus på sund livsførelse, som kost og motion. Toldhuset motiverer og støtter op om fysisk aktivitet og udfoldelse. Toldhuset har ansat en køkkenassistent og en ernæringsassistent som forestår tilberedning af hovedmåltiderne til beboerne, for derigennem at sikre en sund og varieret kost. Alle beboere har dog to faste ugentlige maddage, hvor den enkelte beboer indkøber og fremstiller aftensmad til eget forbrug.